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中药材储存仓库属于丙类第2项仓库。对于甲、乙类厂房和甲、乙、丙类仓库内的防火墙的耐火极限不应低于4.00h,因此该仓库内防火墙的耐火极限不应低于4.00h。丙类第2项仓库最大允许占地面积为4800㎡,每个防火分区的最大允许建筑面积为1200㎡。已知该建筑占地面积为5200㎡,大于一座仓库最大允许占地面积要求,对于仓库内设置有自动灭火系统时,每座仓库的最大允许占地面积和每个防火分区的最大允许建筑面积可按规定的要求增加1.0倍。因此,该仓库内应设置有自动灭火系统,防火分区的最大允许建筑面积为2400㎡,每层建筑面积为4200㎡,因此每层应采用耐火极限为4.00h的防火墙划分为2个防火分区,答案应为D。